在来線定期券はエクスプレス予約の乗車券部分に充当できますか。

券面区間に新幹線駅を2駅以上含む「磁気定期券」であれば、e特急券自由席と組み合わせて新幹線乗車可能です。
※新大阪～京都のように新幹線駅区間完結の磁気定期券でも可能です。

また定期券区間内に新幹線停車駅が2駅以上含まれる「在来線IC定期券」を、新幹線自動改札機にタッチしていただくだけで定期券区間内の新幹線（普通車自由席）に乗車できるサービスもございます（特急料金は、新幹線降車駅の自動改札機でチャージ額から引き去りますため、e特急券との併用はできません）。

詳しくはこちらをご覧ください。